Hola,
Yo he trabajado con WooCommerce. La unica forma de hacer esos cambios sin que sean afectados por actualizaciones futuras es cambiando el template. Para hacerlo, yo solo necesito acceso al FTP, y visitar la pagina de administrador que es donde debe de estar la dirección del checkout.
Espero podamos trabajar juntos, y gracias por leer mi propuesta.
Pedro Carbonell