La migración de una base de datos MySQL a SQLite3 requiere de un considerable tiempo tomando en cuenta las diferencias existentes entre ellas tales como: tipos de datos, concurrencia de conexiones, longitud de campos, diferencias entre consultas, etc.
Para solventar estas diferencias se debe realizar una configuración adecuada en CodeIgniter, así como modificar algunos procesos internos del sistema que permitan la adecuada gestión de datos en SQLite3.
Mi experiencia en gestores de base de datos relacionales (PostgreSQL y MySQL), así como base de datos orientadas a ficheros (SQLite), al igual que en lenguajes de programación (Python y PHP) y los distintos frameworks asociados a estos lenguajes (Django, Symfony2 y CodeIgniter) puede ser de utilidad en la migración que se requiere realizar en esta aplicación.