Hola!!
Soy Ing Informatico de Venezuela, me especializo en desarrollo web y móvil. Puedes visualizar mi portafolio de trabajo en el siguiente enlace: http://www.utombou.com.ve.
Tengo experiencia servidores linux Debian, CentOS y Ubuntu server. Servidores Apache y Nginx para servicios web. Mysql, Postgresql, MongoDB para serivicios de Base de datos; y tambien manejo redis server y memcache como servicios de caché. Actualmente gestiono algunos servers en VPS como Digital Ocean y Google Cloud Engine.
Bien, ahora sobre tu problema puede ser algo en el código definitivamente o sino un problema de almacenamiento de caché o algo parecido. Sería bueno aclarar si estas usando algun tipo de servidor dedicado o un VPS solo para tí (eso puede influir). Yo atacaría tu problema primero revisando si tienes algun tipo sobrecargas en los buffers de conexión (¿cual es el límite de conexión que tienes actualmente?. Puede ser que tu servicio no esté bien configurado para eso tambien!
Si estas interesado en lo que pueda ofrecer a tu proyecto podemos hacer un plan de trabajo continuo con reuniones por skype y/o hangout cada tantos días y así poder retroalimentarme con tus impresiones.
Saludos,